В то же время плотность её населения была одной из самых низких в стране. Область населяли 262 тысячи человек, 90% которых составляли якуты и тунгусы, занимавшиеся оленеводством, охотой и рыбной ловлей.

Весть об Октябрьском перевороте встретили в Якутии спокойно. В Якутске власть захватил Комитет защиты революции, выступавший за созыв в Петрограде Учредительного собрания. Летом 1918 года комитетчиков выгнали из главного города Якутии красногвардейцы. Они учредили Совет рабочих депутатов и распространили его власть на Якутск, Вилюйск и несколько ближних улусов. Продержаться им удалось до ноября, когда в Якутию пришли войска адмирала Колчака. Окончательно Советская власть установилась в регионе в начале 1920 года после разгрома колчаковцев.

Новые порядки понравились далеко не всем. Уже в сентябре 1921 года вспыхнул первый мятеж. Поднял его якут Ефимов в Аяно-Майском районе. Мятеж поддержал корнет Михаил Коробейников. Собрав около двухсот сторонников, в основном скрывавшихся в дальних улусах белогвардейцев, Коробейников назвал их Якутской народной армией и начал наступление на Якутск. К восставшим присоединились отряды под командованием офицеров Озерова и Ксенофонтова. В селе Чурапча, в 177 километрах от Якутска мятежники учредили Временное областное якутское народное управление и двинулись в сторону региональной столицы. В марте 1922 года они захватили Якутск, уничтожив большую часть оборонявших его красноармейцев, а остальных, взяв в плен. Победителям так же достались шесть пулеметов, сильно увеличившие огневую мощь народной армии. Численность её тоже росла: к Коробейникову со всех концов Восточной Сибири стекались охотники повоевать с советской властью. К лету под его командой числилось до трех тысяч бойцов.

Опомнившиеся большевики, надеясь на поддержку коренного населения, в апреле провозгласили Якутию автономной советской социалистической республикой в составе РСФСР. Летом приплывшие по Лене красноармейские части выбили коробейниковцев из Якутска. Неся большие потери, мятежники стали отступать на восток, остановившись лишь на берегу Охотского моря. Там они захватили порты Аян и Охотск и обратились за помощью во Владивосток, где доживало последние недели белогвардейское правительство.

В столице Приморья белогвардейцы стояли перед выбором: уходить в Китай, то есть в эмиграцию или сдаваться на милость победившей Красной армии. Однако были среди них и те, кто хотел продолжать борьбу с большевиками. Просьба о помощи, пришедшая с севера, давала им такой шанс. Желавших продолжать борьбу возглавил генерал-лейтенант Анатолий Пепеляев, брат премьер-министра колчаковского правительства Виктора Пепеляева, расстрелянного вместе с адмиралом.

К своим тридцати годам Пепеляев был в Сибири фигурой легендарной. Сын генерал-губернатора Томска, геройски воевавший на фронтах Мировой войны, он с боями прошагал две трети России от Вятки до Тихого океана и участвовал в Сибирском ледяном походе. В 1922 году он уже жил в Харбине с женой и двумя маленькими сыновьями, но, узнав о формировании в Приморье антибольшевистской добровольческой дружины, оставил семью и уехал во Владивосток. Там он сумел заразить планом нового антибольшевистского покорения Сибири правителя Приморья генерала Дитерихса, который помог добровольцам деньгами и вооружением. Помимо винтовок 720 добровольцев получили два пулемета, 9800 ручных гранат и 175 тысяч патронов. Для конспирации новое подразделение называлось милицией Татарского пролива. 31 августа 1922 года два небольших парохода «Защитник» и «Батарея» вышли из порта Владивостока. Поместились на них лишь 553 добровольца, остальные остались в Приморье ждать следующей оказии.

Плавание продолжалось две недели. 6 сентября в Охотске в помощь восставшему там отряду капитана Яныгина был высажен десант под командой генерала Ракитина. Через два дня Пепеляев сошел на берег в Аяне, где обнялся со встречавшим его Коробейниковым. Генерал официально переименовал милицию Татарского пролива в Сибирскую добровольческую дружину и объявил цель экспедиции: поход на Якутск и дальнейшее освобождение от большевиков всей Сибири. 14 сентября добровольцы, используя в качестве гужевого транспорта триста подаренных тунгусами оленей, двинулись на запад.

После десятидневного перехода СДД захватила городок Нелькан. Главный тамошний чекист успел закопать всё имевшееся в городке оружие, выгнать в тайгу местных жителей и смыться по реке Мая. Захватив Нелькан, Пепеляев надолго остановился в нём. К отряду со всех сторон стекались белопартизаны. К концу осени до Нелькана добрались остававшиеся во Владивостоке добровольцы. Тунгусы продолжали снабжать СДД оленями и провизией. В середине января 1923 года добровольческая дружина, насчитывавшая уже 950 штыков, снова двинулась на запад. Она представляла собой грозную силу: во всей Якутии насчитывалось всего около трех тысяч красноармейцев, раскиданных по множеству гарнизонов.

К этому времени Владивосток уже был захвачен красными, и СДД оказалась последним в России организованным соединением белогвардейцев. Сперва наступление шло успешно, но 13 февраля добровольцы вышли на окраины заимки Сасыл-Сысыы, которую охранял небольшой отряд красноармейцев под командованием латыша Ивана Строда. Наступление споткнулось, завязался жестокий бой. Пепеляев предложил противнику сдаться, но Строд использовал время, отведенное ему на раздумья, для рытья окопов в промерзшей земле. Битва в якутских снегах продолжилась восемнадцать дней, добровольцы несли большие потери убитыми, ранеными и обмороженными. За это время власти Якутии собрали силы со всей республики и 3 марта отбросили пепеляевцев на восток. Последнее сражение Гражданской войны закончилось.

Теперь уже отступали добровольцы, преследуемые отрядами Красной армии. Первого мая остатки СДД вернулись в Аян. Пепеляев решил строить большие лодки-кунгасы и плыть на них на Сахалин. Не успел — из Владивостока уже двигалась к Аяну карательная экспедиция. 19 июня Пепеляев и большая часть оставшихся в живых добровольцев сдались и были вывезены во Владивосток. Оставшиеся на свободе ушли в тайгу и продолжили в одиночку или небольшими группами бороться с Советской властью. Некоторым, в том числе корнету Коробейникову удалось добраться до Китая, где они осели в эмиграции. Малую часть добровольцев во главе с генералом Вишневским вывезли из Охотска японские рыбаки.

Суд над добровольцами состоялся в 1924 году. Пепеляева сначала приговорили к смертной казни, но после его письма к Калинину дали 10 лет заключения. Срок этот несколько раз продляли, и на свободу он вышел лишь в 1936 году. Пепеляев поселился под надзором ОГПУ в Воронеже, где работал столяром. Через год его арестовали и вскоре расстреляли за антисоветскую деятельность.

С падением пепеляевцев Якутия не утихла. Всего через год после разгрома СДД таёжные улусы забурлили снова. Виновата в этом была сама Советская власть. Оленеводам и охотникам не нравились начавшиеся конфискации оленьих стад, отъём традиционных мест выпаса под новые стройки и запрет на частную торговлю. Кроме того, Якутию, не спросив местных жителей, отрезали от Тихого океана, передав обширный участок прибрежной территории с портами Охотск и Аян в состав образованной Дальневосточной области. Якуты и тунгусы взялись за свои охотничьи ружья. В мае 1924 года восставшие захватили Нелькан, а через месяц — Аян. Со всех концов тайги собирались делегаты на съезд аяно-нельканских, охотско-аянских и маймаканских тунгусов и якутов, где было избрано Временное Центральное Тунгусское Национальное Управление. Съезд определил главную задачу восстания — отделение Якутии от РСФСР. Делегаты по радио обратились к мировому сообществу с просьбой признать независимость Тунгусской республики, однако мир не услышал призывов, раздававшихся из сибирской тайги.

У восстания появились лидеры. Вооруженными отрядами общей численностью до 300 человек взялся командовать Павел Карамзин, представитель княжеского тунгусского рода. Начальником штаба у него стал Михаил Артемьев. До революции он успел поработать в родном улусе писарем и учителем, в Гражданской войне повоевал на стороне большевиков, но быстро разочаровался в них. В 1921 году он поддержал восстание Коробейникова, а затем у Пепеляева командовал отрядом якутских белопартизан. После разгрома СДД Артемьев скрывался в тайге.

Около года восставшие будоражили Восточную Сибирь, нападая на гарнизоны в разных концах Якутии. Больших потерь ни они, ни части Красной армии не несли. В конце концов, Советская власть решила закончить инцидент миром. Девятого мая 1925 года восставшие сложили оружие. Их не стали арестовывать, а спокойно распустили по родным улусам. Лидерам восстания даже предоставили работу в органах Советской власти. Так, например, Артемьев стал переводчиком и секретарем в Нельканском волостном совете. Проработал, правда, он на этой непыльной должности всего два года. Ему претило участвовать в несправедливостях и притеснениях своих соплеменников. В 1927 году Михаил Артемьев вновь ушел в лес.

К 1927 году в Якутии появилось новое движение, оппозиционное Советской власти. Так называемые конфедералисты уже не мечтали о независимости своей родины. Они хотели всего лишь поднять статус Якутии от уровня автономной республики в составе РСФСР до уровня советской социалистической республики, равной по правам с Россией, Украиной и Белоруссией. Лидером конфедералистов был Павел Ксенофонтов, представитель новой якутской интеллигенции. Он окончил юридический факультет московского университета и работал в наркомате финансов Якутии. Поначалу Павел Васильевич пытался отстаивать свои идеи легальным путем и хотел стать делегатом окружного съезда советов. Однако его кандидатура была забаллотирована, а по всей республике прокатились чистки органов власти от «националистических и социально чуждых элементов».

Только тогда, в мае 1927 года Ксенофонтов решил взяться за оружие. Всерьез воевать с окрепшей советской властью он не собирался. Павел Васильевич хотел провести «военную демонстрацию» — поход через всю республику вооруженных сторонников повышения статуса Якутии. Он считал, что это позволит донести идеи конфедерализма до самых дальних улусов и убедит Советскую власть, что с этими идеями необходимо считаться.

Москва действительно отнеслась к движению в далекой Якутии чрезвычайно серьезно. Ответственность за ликвидацию «ксенофонтовщины» была возложена лично на первого секретаря якутского обкома ВКП (б) Карла Байкалова. Непосредственная борьба с вооруженными демонстрантами была поручена Северо-Восточной экспедиции ОГПУ. Для начала чекисты арестовали более-менее заметных якутских общественных деятелей и представителей творческой интеллигенции. Большинство из арестованных не имели никакого отношения к конфедералистам, а многие из них даже прямо осуждали это движение. В тюрьме, например, оказались видный общественный деятель Василий Никифоров, еще в 1906 году организовывавший «Союз якутов» и известный писатель Анемподист Софронов. Товарищ Байкалов в столице республики на чрезвычайном заседании ЯЦИК клеймил сторонников конфедералистов как бандитов, а про их предводителей говорил, что «это деклассированные, не нашедшие в мирном строительстве своего применения, спившиеся, беспринципные и одурманенные иллюзиями элементы, которые руководить массами не способны».

Пока в Якутске шли аресты и гремели пламенные речи, в конце сентября Ксенофонтов в дальнем селении Кудома провел учредительный съезд Младо-якутской национальной советской социалистической партии конфедералистов. Видимо, это название было не очень понятно оленеводам и охотникам, потому что через месяц партия поменяла название и стала именоваться Младо-Якутской Национальной Советской Социалистической партией середняцко-бедняцкого крестьянства. Её генеральным секретарем был избран Павел Ксенофонтов. Пора было начинать военную демонстрацию. Правда, активных сторонников у Ксенофонтова было немного. Хотя в Кудому шли недовольные Советской властью (в том числе и Михаил Артемьев), на пике популярности движения под знаменами конфедералистов стояло всего 170 демонстрантов, лишь 130 из которых имели ружья. На эту небольшую группу людей и начала охоту экспедиция ОГПУ.

Ксенофонтовцы двигались из улуса в улус, зачитывая перед собравшимися жителями свои прокламации на якутском и русском языках. Трудящиеся, правда, к этим воззваниям оставались почти равнодушны. Каждая из этих речей вызывала лишь ответный всплеск разоблачительной риторики на партийных собраниях в Якутске. В вооруженные столкновения конфедералисты почти не вступали. Например, восьмого ноября малолетние пионеры из поселка Абага несколькими выстрелами отогнали колонну ксенофонтовцев от своих окраин. За пять месяцев произошли лишь четыре стычки демонстрантов с чекистскими отрядами, в ходе которых погибли один красноармеец и семеро мятежников. Гораздо большие потери понесли два отряда ОГПУ, в декабре принявшие друг друга за конфедералистов и устроившие между собой настоящий бой.

Силы были явно неравны. За конфедералистами по Якутии гонялись несколько сводных отрядов красноармейцев, каждый из которых по численности превосходил все силы мятежников. Одним из этих отрядов, кстати, командовал Иван Строд, тот самый, что пять лет назад оказал достойное сопротивление пепеляевцам. Силы Ксенофонтова таяли, его сподвижники разделялись, расходились по деревням и улусам. Первого января 1928 года Павел Ксенофонтов, приехал в Якутск и явился домой к Карлу Байкалову. Неожиданный гость посетовал на пассивность масс и заявил, что так как его главная цель — пропаганда идей конфедерализма достигнута, то он сдается Советской власти, которая обещала амнистию всем мятежникам. Обрадованный хозяин тут же лично арестовал Ксенофонтова. На первых допросах он написал письма своим сторонникам, в которых уговаривал их сдаться на милость властей. Получив эти письма, отряды конфедералистов начали слагать оружие. Шестого февраля последние мятежники сдались в поселке Усть-Аим. Пятимесячная вооруженная демонстрация, которая, по сути, была ненасильственной акцией, закончилась.

То, что конфедералисты почти не применяли оружия, власти не сочли смягчающим их вину обстоятельством. Наказание оказалось суровым. Сам Ксенофонтов был расстрелян 27 марта 1928 года согласно внесудебному решению, вынесенному накануне. Репрессиям подверглись 272 человека, из которых 128 расстреляли, а 130 отправили в тюрьмы и лагеря на разные сроки заключения. Под раздачу попали далеко не только ксенофонтовцы. Расстреляны были многие представители якутской интеллигенции не склонные к сепаратизму. Почему-то казнили даже оперуполномоченного ОГПУ Жерготова, который уговорил сдаться без боя один из отрядов мятежников. Тщательно зачистили органы партийной и советской власти в Якутии.

Если бы большая часть территории Якутии не находилась в зоне вечной мерзлоты, то можно было бы сказать, что в конце 1920-х годов республика напоминала выжженную пустыню. Общественная жизнь в российском регионе, который дольше всех сопротивлялся Советской власти, оказалась выжжена почти дотла. Через 10 дет каток Большого террора окончательно подмял всё, что ещё выступало над поверхностью заснеженной тундры. Новые ростки движений и идей, отклонявшихся от генеральной линии коммунистической партии, появились в Якутии лишь в конце 1980-х годов.